Die evang. Kirche St. Johannes ist eine gotische Hallenkirche. Das dreischiffige Langhaus wird im Osten von einem einschiffigen Chor weitergeführt, der in drei Seiten des Achtecks geschlossen ist. In den Winkeln zwischen Chor und Langhaus stehen zwei Türme, die erst 1889/90 ihre heutige, gleichförmige Gestalt erhielten.
Mit dem Beginn der Dachsanierung des Südturmes wurde der Grundstein für die Außensanierungen gelegt.  Der Turm, ca. 68 m hoch, wird in altdeutscher Deckung, mit Thüringer Schiefersteinen, eingedeckt. Zahlreiche Holzarbeiten, wie Sparrenerneuerungen, Verschalungen und der Bau von Falkennistkästen, waren zuvor erforderlich. Die Turmbekrönung und die Wetterfahne wurden in diesem Zusammenhang restauriert und erfolgreich aufgebracht. Wichtige Zeitdokumente sind der Turmbekrönung mit auf den Weg gegeben worden, damit die Nachfahren in einigen Jahrzehnten wissen, was im Jahre 2004 n. Chr. Wissenswertes in und um Saalfeld gegeben hat.

Die Johanneskirche Saalfeld lädt zu einer Besichtigung ein und bringt ihre Besucher zum Staunen. Die Orgel auf der Westempore stammt ursprünglich aus dem 18. Jahrhundert. Das Orgelwerk besitzt 56 Register auf drei Manualen und Pedal und stammt aus dem Jahre 1894. Es wurde 1993—1995 restauriert und erfreut die Menschen von Nah und Fern. Die heutige Sauer-Orgel begleitet den Gemeindegesang und das Singen der drei Saalfelder Kirchenchöre: Thüringer Sängerknaben, Mädelchor und Oratorienchor.